در سال ۱۳۶۰ اوج رویارویی مجاهدین و خمینی و اعلام جنگ مسلحانه علیه جمهوری اسلامی توسط مسعود رجوی و پس از موج اعدامهای شبانه مجاهدین که هرشب ده‌ها زندانی مجاهد اعدام میشدند.
ناگهان در یک حرکت سیاسی بزرگ مسعود رجوی شورای ملی مقاومت را تاسیس کرد.
شورای ملی مقاومت در سالروز قیام مردم ایران از نخست‌وزیر محبوبشان دکتر محمد مصدق به مردم ایران معرفی شد.
شورای ملی مقاومت ائتلافی از همه نیروهای دموکراتیک و مخالف ولایت فقیه بود که هدف آنها سرنگونی رژیم جمهوری اسلامی و استقرار دموکراسی در ایران بود.
بلافاصله پس از اعلام شورا مسعود رجوی برای جهانی کردن آن عازم پاریس شد.
پرواز مسعود رجوی با حمایت پرسنل هوادار مجاهدین از قلب تهران به فرانسه در پروازی شگفت‌انگیز به انجام رسید.
مسعود رجوی در اولین مصاحبه مطبوعاتی که در فرانسه در بدو ورود او تشکیل شد شورای ملی مقاومت را به جهان به عنوان آلترناتیو ملاها معرفی کرد.
تصویب اساسنامه و برنامه شورا
برنامه و اساسنامه شورا و دولت موقت وظایف،در یک اجلاس فشرده در همان سال ۶۰ تصویب و منتشر شد.
با تصویب شورای ملی مقاومت مشخص شد که دولت موقت حداکثر ۶ماه پس از سرنگونی رژیم ولایت فقیه باید برای یک مجلس موسسان اقدام به برگزاری انتخابات کند.
پس از تشکیل مجلس موسسان و قانونگذاری وطیفه شورای ملی مقاومت پایان می‌پذیرد.
چند سال بعد با حضور مریم رجوی به عنوان رئیس جمهور منتخب مقاومت با یک مصوبه انتخابات از وطایف مریم رجوی مشخص شد.
در این مصوبه آمده است: پس از تشکیل موسسان مریم رجوی نیز استعفای خود را به مجلس مؤسسان تقدیم خواهد کرد.
مجلس مؤسسان جدید وظیفه تدوین قانون اساسی و دولت جمهوری جدید را برعهده دارد. همچنین قانونگذاری برای اداره امورکشور تا قبل از تصویب قانون اساسی جدید برعهده شورا است. دوره مجلس مؤسسان حداکثر دو سال است.
طرحهای شورای ملی مقاومت
شورا طرحهای مختلفی برای آینده ایران تصویب کرده‌است، از مهمترین طرحهای شورا که به خصوص در مقابل حاکمیت سرکوبگر ملاهاست:
طرح رابطه دولت با دین و مذهب
طرح آزادی‌ها و حقوق زنان
آرم رسمی شورا
آرم رسمی شورای ملی مقاومت نیز شیر و خورشید است که در سال ۱۳۷۲ به پیشنهاد مسئول شورا، بعنوان آرم رسمی با رای عمومی اعضا تصویب شد.
از آن پس در جلسات شورا و در برنامه‌های سازمان مجاهدین و هواداران از این پرچم با نماد قدیمی شیر و خورشید استفاده میشود.
انتخاب مریم رجوی
در سال ۱۳۷۲شورای ملی مقاومت به اتفاق آراء مریم رجوی را به عنوان رئیس جمهور دوران انتقال برگزید.
جبهه ملی همبستگی
در سال ۱۳۸۱شورا، طرح جبهه همبستگی ملی برای سرنگونی استبداد مذهبی را اعلام کرد.
در همین سال شورا آمادگی خود را برای همکاری با دیگر نیروهای سیاسی ابراز نمود.
جبهه همبستگی ملی نیروهای جمهوری‌خواهی را با التزام به نفی کامل نظام ولایت فقیه را دربر می‌گیرد.
هدفاز جبهه همبستگی استقرار یک نظام سیاسی دموکراتیک و مستقل و مبتنی بر جدایی دین از دولت است.
اعضای شورا
شورای ملی مقاومت ایران در حکم یک پارلمان در تبعید و مجلس قانونگذاری عمل می‌کند. بیشتر از ۵۰درصد اعضای شورا را زنان تشکیل میدهند.
شورای در برگیرنده تنوع قومی ایران از جمله کرد، بلوچ، عرب، ترک، فارس و ترکمن است.
اعضاء شورا نمایندگان قشرهای وسیعی از مردم ایران با گرایش‌ها و اندیشه‌ها هستند.
پیروان ادیان و مذاهب مختلف و آتئیست‌ها در شورا حضور دارند.
هنرمندان، نویسندگان، پزشکان، تجار و بازاریان، استادان دانشگاه، نظامیان، ورزشکاران، سیاستمداران، کارشناسان، صاحبان صنایع اعضاء شورا را تشکیل میدهند.
شورای ملی مقاومت ۲۵ کمیسیون دارد.
تصمیم‌گیری‌ها
براساس اساسنامه شورا، جلسات شورا با نصف بعلاوه یک عضو تشکیل میشود. تصمیمات با رای نصف بعلاوه یک حاضران تصویب میشود.
اما شورا در تصمیم‌گیری‌ها بنا را بر اقناع کامل همه اعضا می‌گذارد.
آراء گوناگون و نظرات مخالف در تصمیم‌ها و مصوبات شورا منظور میشود.
اجلاس سه روزه شورای ملی مقاومت ایران در آغاز چهلمین سال تأسیس شورا در ۹ مرداد ۹۹
