در آخرین ملاقات با خمینی موسی خیابانی و مسعود رجوی با تعدادی از مجاهدین شرکت داشتند. این ملاقات یک هفته پس از شکایت مسعود رجوی از چماقداریها به احمد خمینی بود.
مسعود رجوی در این باره میگوید: «در بدو ورود هیأت مجاهدین که فکر می‌کنم ۱۰-۱۲نفر بودیم، وقتی دید برخلاف معمول و دیدارهایی که با سایرین داشت، باز هم از تکبیر گفتن و دستبوسی خبری نیست ناگهان از کوره در رفت و بر سر مجاهد شهید محمود میرمالک که از این صحنه عکس می‌گرفت به طرز بسیار خشن و زننده‌یی فریاد زد: «عکس نگیر»! این در حالی بود که دفتر خمینی خودش روز بعد خبر این ملاقات را به مطبوعات داد.
در ادامه ملاقات خمینی به مسعود رجوی میگوید:
«خیلی از آقایان از شما شکایت و گله دارند.
همین دیروز هم که فهمیدند شما اینجا می‌آیید، همهٴ کتابها و اعلامیه‌هایتان را آوردند به من نشان دادند.
اما من اعتنا ندارم و فقط می‌خواهم شما با مردم و اسلام باشید تا اوضاع سابق به کشور برنگردد…»
مسعود رجوی خود دراین باره میگوید:
«حرفش با ما این بود که: خیلی از آقایان از شما شکایت و گله دارند و همین دیروز هم که فهمیدند شما اینجا می‌آیید، همه کتابها و اعلامیه هایتان را آوردند به من نشان دادند، اما من اعتنا ندارم و فقط می‌خواهم شما با مردم و اسلام باشید تا اوضاع سابق به کشور برنگردد…(نقل به مضمون).
منظور خمینی از مردم و اسلام واضح بود.گردن گذاشتن به ولایت و هژمونی خودش را می‌خواست که طبعاً مرز سرخ ایدئولوژیکی ما با ارتجاع بود.
منهم گفتم: ما اسلاممان را ساده پیدا نکرده‌ایم بلکه اعتقاد به آن را از لابلای رنج و خون مردم ایران و جوخه‌های اعدام و اتاقهای شکنجه به‌دست آورده‌ایم. از شما هیچ درخواست دنیوی و مادی نداریم. در راه آزادی و استقلال ایران، ما را بدون کمترین چشمداشت دنیوی و مادی، کمترین سربازان خود بدانید. اکنون قدرت سیاسی و قدرت مذهبی در شما متمرکز شده!
اگر در راه خدا و خلق از آن استفاده شود می‌تواند کون و مکان را تغییر دهد (نقل به مضمون).
سپس مسعود رجوی خطبه حضرت علی در نهج‌البلاغه در مورد حق مردم بر والی و حاکمیت، و حق والی و حاکمیت بر مردم را برایش خواندم و نتیجه گرفتم که محور و کانون همه مسائل و خواستها که انقلاب ضدسلطنتی هم اساساً برای آن به‌پا شد، مسأله آزادی است.
خمینی این نتیجه‌گیری را تماما تایید کرد و گفت: «اسلام بیش از هر چیز به آزادی عنایت دارد و در اسلام خلاف آزادی نیست الا در چیزهایی که مخالف با عفت عمومی است».
